توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو است. پس از مدتی او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس آشنا می شود ، مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند ، یک سرزمین بایر و ویران ، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها ، در ماتریکس اسیر شده‌ است. اکنون نئو باید در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند ، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام کسانی که مثل او هستند را نابود کنند و…